Нажмите "Enter", чтобы перейти к контенту

Транскриптомические профили периферических лейкоцитов при диабете II типа и расовые различия в профилях экспрессии

Transcriptomic profiles of peripheral white blood cells in type II diabetes and racial differences in expression profiles
Источник: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3287494/

Наряду с ожирением, физической бездеятельностью и семейной историей нарушений обмена веществ афроамериканская этничность является фактором риска развития диабета типа 2 (T2D) в Соединенных Штатах. Однако мало известно о различиях в экспрессии генов и транскрипционных профилях крови в T2D между афроамериканцами (AA) и кавказцах (CAU), а анализ микрочипов периферических лейкоцитов (WBCs) из этих двух этнических групп будет способствовать нашему пониманию лежащего в основе молекулярного механизма в T2D и идентифицировать генетические биомаркеры, ответственные за различия.

Весь олигомикроаррей генома человека периферических WBC был выполнен на 144 образцах, полученных от 84 пациентов с T2D (44 AA и 40 CAU) и 60 здоровых контролей (28 AA и 32 CAU). Результаты показали, что 30 генов имеют значительную разницу в экспрессии между пациентами и контрольной группой (изменение складки <-1,4 или> 1,4 при значении Р <0,05). Эти известные гены были в основном сгруппированы в три функциональные категории: иммунные ответы, липидный обмен и повреждение / аномалия организма. Транскриптомический анализ также показал, что 574 гена были дифференциально экспрессированы в контроле АА по сравнению с контролем АА по сравнению с 200 генами у пациентов с САУ. Исследование пути показало, что «Связь между врожденными и адаптивными иммунными клетками» / «Первичная иммунодефицитная сигнализация» значительно снижается у пациентов с АА, а «Интерферонная сигнализация» / «Система комплемента» значительно снижается у пациентов CAU.

Эти вновь выявленные генетические маркеры в WBC предоставляют ценную информацию о патофизиологии T2D и могут быть использованы для диагностики и разработки лекарственных препаратов. Наши результаты также показали, что пациенты с AA и CAU с T2D экспрессируют гены и пути по-разному.

Диабет типа 2 (T2D) является наиболее распространенным форматом диабета, и на его долю приходится более 90% всех диагностированных диабетических случаев [1]. Это гетерогенная и многофакторная болезнь. Хотя точный патогенез еще не был полностью понят, важными факторами риска являются более высокий возраст, семейный анамнез, физическая инертность и расовая / этническая принадлежность [1,2]. Афроамериканец (АА) — это этническая принадлежность с самым высоким уровнем заболеваемости и смертности от Т2Д. Согласно статистическим данным 2010 года для взрослых в возрасте 20 лет и старше, у 15,7 миллионов не испаноязычных белых диабет (10,2% этнической группы) по сравнению с 4,9 миллионами не испаноязычных чернокожих (18,7%). После корректировки возрастных различий населения АА в 1,8 раза чаще страдают диабетом как CAU в аналогичных возрастных группах [3-5]. Кроме того, ожирение и иммунные / воспалительные процессы способствуют возникновению T2D [6-9]. Например, повышенные уровни циркулирующих IL-1β, IL-6, TNFα и белков острой фазы в T2D были подробно описаны в нескольких исследованиях. Это может отражать активацию врожденных иммунных клеток за счет чрезмерного уровня концентрации питательных веществ, включая глюкозу и свободные жирные кислоты. В свою очередь, как IL-6, так и IL-1β действуют на печень, чтобы вызвать характерную дислипидемию при метаболическом синдроме, которая проявляется как увеличение липопротеинов очень низкой плотности (VLDL) и снижение липопротеинов высокой плотности (HDL) [10,11]. IL-6 и фактор некроза опухолей TNFα также участвуют в ухудшении передачи сигналов инсулина в адипоцитах [12].

Многие клинические и эпидемиологические исследования были сделаны для выяснения экологического вклада в T2D [13-15]. Анализ микрочипов позволит нам изучить генетический вклад и модели измененной экспрессии генов, связанные с T2D. До сих пор для анализа генной экспрессии в T2D были выбраны человеческие скелетные мышцы, печень, жировые ткани и панкреатические β-клетки [16-22]. Эти исследования дали важную информацию о патогенезе T2D и его отношении к ожирению. Было обнаружено, что экспрессия гена жировой ткани проявляет больше различий между T2D и здоровым контролем, чем экспрессия гена мышечной ткани. Многие гены являются воспалительными и метаболически важными [23]. Поскольку из клиники трудно получить разрешение на использование образцов ткани, таких как печень, жировая ткань и мышцы для генетических исследований, периферическая кровь может быть удобным источником клеток для этого исследования. На сегодняшний день Грейсон и др. [24] сообщили об одном исследовании микрочипов периферической крови человека. Их вывод показал, что гены, дифференциально выраженные в T2D, играют ключевую роль в активации и передаче Т-клеток, но в этом исследовании использовался ограниченный размер выборки (n = 6) и отсутствовала информация об этнической принадлежности. В этом исследовании мы измеряли регуляцию вверх / вниз некоторых генов, связанных с T2D, с использованием белых кровяных клеток у пациентов с T2D, и мы сравнивали профили экспрессии генов между двумя этническими группами. Информация, полученная из нашего исследования, обеспечит дальнейшее понимание патогенеза T2D и различий в профилях экспрессии между AA и CAU.

Это исследование включало сбалансированное распределение изучаемых предметов по признаку пола и этнической принадлежности: среди 60 контрольных, 28 были АА, включая 14 женщин и 14 мужчин, а 32 были КАУ, в том числе 14 женщин и 20 мужчин. Среди 84 пациентов с Т2Д 44 были АА, в том числе 22 женщины и 22 мужчины, а 40 были КАУ, в том числе 23 женщины и 17 мужчин. По сравнению с АА у КАУ был достоверно более высокий уровень триглицеридов крови (ТГ) у обоих контролей (106 ± 54,3 мг / дл в АА против 153 ± 77,8 мг / дл в КАУ, р = 0,0009), а у пациентов ( 157 ± 128 мг / дл в АА против 207 ± 98,3 мг / дл в CAU, p = 0,037). Не было обнаружено существенных различий в других изученных клинических параметрах между двумя расами (данные для различий по этническому признаку не были показаны). По сравнению со всеми контролями (смешанными) группа пациентов была на 4,5 года старше, имела значительно более высокий индекс массы тела (ИМТ), ТГ крови и глюкозу натощак и имела более низкий аполипопротеин высокой плотности (ЛПВП). Не было различий в аполипопротеинах низкой плотности (ЛПНП) и общих холестеринах (табл. 1) между контрольными и T2D-пациентами.

Клинические характеристики субъектов исследования

Данные — среднее ± SD. Статистический анализ проводился с использованием t-теста Стьюдента. ** p <0,05 *** p <0,001, значения основаны на различиях от контролей.

Проводились олиго-микрочипы периферических лейкоцитов всего человеческого генома (4 × 44K) из 60 здоровых субъектов и 84 субъектов Т2D. Из 41 000 зондов, доступных на массивах Agilent, мы идентифицировали 30 генов, которые были дифференциально выражены (изменение складки <-1,4 или> 1,4 при значении Р <0,05). Шесть известных генов были отрегулированы, включая связанный с эритроидом фактор (ERAF), дельта-аминолевулин-синтазу 2 (ALAS2), оксистеролсвязывающий белок 2 (OSBP2), карбоангидразу I (CA1), серин / треонин / тирозинкиназу 1 (STYK1) , и белок цинкового пальца 2 (ZIC2). Шестнадцать известных генов были отрегулированы, включая переключатель G0 / G1 2 (GOS2); связанный с теломеразой белок 1 (TEP1); простагландин-эндопероксид-синтаза 2 (PTGS2); интерлейкин 4 (IL4); интерлейкин 8 (IL8); интерферон-альфа-индуцибельный белок 27 (IFI27); интерферон-индуцированный белок с тетратрипептидными повторами 3 (IFIT3); индуцированный интерфероном белок с тетратрикопептидными повторами 2 (IFIT2); альфа-индуцированный белок 6Т (NFAIP6) опухолевого некроза; радикальный S-аденозилметионин, содержащий 2 (RSAD2); аполипопротеин B, редактирующий фермент, каталитический полипептид 3A (APOBEC3A); АТФ / ГТФ-связывающий белок-4 (ABGL4); ATP-связывающая кассета подседельного транспортера (ABCA1); эпителиальное стромальное взаимодействие 1 изоформа 2 (EPSTI1); Ephrin type-A-рецептор 6 (EPHA6); и богатый лейцином повторный нейронный белок 3 (LRRN3). Большинство из этих генов относятся к трем функциональным категориям: иммунные и воспалительные реакции, такие как IL-4, IL-8, TNFAIP6 и PTGS2; метаболизм липидов и глюкозы, такой как ABCA1, OSBP2 и GOS2; и травмы организма и аномалии, такие как APOBEC3A. Таким образом, эти гены могут быть генетическими сигнатурами для T2D.

Для изучения этнических различий анализировались и сравнивались профили экспрессии генов между участниками АА и CAU. На основании тех же критериев, которые были описаны ранее, было обнаружено, что многие другие гены дифференцированы. 574 были дифференциально экспрессированы в АА (28 здоровых контролей и 44 пациента Т2D) по сравнению с 200 генами в CAU (32 здоровых контрольных и 40 пациентов с Т2D). В группе АА было зарегистрировано 294 регулируемых и 269 повышенных уровня генов у пациентов с Т2D; однако мы наблюдали только 134 отрегулированных и 47 отрегулированных гена у пациентов CAU T2D (рис. 1a и 1b). Было очевидно, что у пациентов с AA T2D было в 2-6 раз больше измененных генов, чем у патентов CAU T2D. В таблице 2 представлены 10 лучших регулируемых и нерегулируемых генов в разных этнических группах (изменение складки <-1,4 или> 1,4 при значении Р <0,05). Анализ перекрытия показал, что у АА был совершенно другой спектр генетических сигнатур для T2D, потому что только один нерегулируемый ген и один регулируемый ген были общими между двумя этническими группами (рис. 1a и 1b).

Диаграммы Венна для нисходящих и регулируемых генов у всех смешанных пациентов с АА и CAU T2D. а) Значительно ослабленные гены у смешанных пациентов с Т2Д представлены красным, АА в синем и CAU — зеленым. (b) Значительно повышенные гены у смешанных пациентов с Т2D представлены красным, АА в синем и CAU — зеленым.

Дифференциально выраженные 10 верхних генов в двух этнических группах

* Fold было отношением T2D пациента к контролю в каждой группе. Различия во всех перечисленных генах.

между пациентами T2D и контрольной группой <0,05.

Исследование профилирования экспрессии генов продемонстрировало этнические различия в этой когорте исследования, как описано выше. Поскольку один путь обычно включает в себя множество разных генов, неясно, имеют ли дифференциально выраженные гены в двух этнических группах одни и те же пути. Используя инструмент Ingenuity Canonical Pathways Analysis, дифференциально выраженные гены в двух этнических группах были сгруппированы в различные пути. Топ-10 регулируемых и регулируемых путей были идентифицированы для пациентов с Т2D в АА и в КАУ, как показано на рисунке 2. По аналогии с результатами дифференциально выраженных одиночных генов две группы пациентов Т2D имели разные спектры уменьшения и увеличения -регулируемые пути. Например, значительным обогащением вниз-регулируемых путей у пациентов с АА были «связь между врожденными и адаптивными иммунными клетками» и «сигнализация первичной иммунодефицита», тогда как у пациентов CAU были пути «передача сигналов интерферона» и «система комплемента». Основные регулируемые пути в АА включали «метаболизм инозита», «сигнализацию Wnt / β-catenin» и «активацию LXR / RXR», но для CAU они были «сигнализацией о плотном соединении», «расщеплением и полиаденированием пре-мРНК »и« метаболизм метана ».

Анализ путей с использованием специально регулируемых генов в AA и CAU. Первые десять путей были отобраны для того, чтобы присутствовать для специфических генов с повышенным или пониженным уровнем у пациентов с АА и CAU. Значительно разные гены были выбраны для запуска инструмента «Интенсивность». Чем больше значение -log (p-значение) пути, тем более значимо, что путь регулируется. Пороговые линии представляют значение p с 0,05.

Чтобы подтвердить точность результатов исследования микрочипов, ПЦР в реальном времени проводили на 5 случайно выбранных генах (ABCA1, IL-4, IL-8 и PTGS2, кроме ALAS2), которые, как было обнаружено, были дифференциально экспрессированы в анализе микрочипов. Все эти гены имеют известную функцию при метаболизме глюкозы и липидов и в иммунных реакциях. Изменения складки для транскриптов этих генов были нормированы на транскрипты глицеральдегид-3-фосфатдегидрогеназы (GAPDH); информация о праймерах для 5 выбранных генов и GAPDH была показана в таблице 3. Изменения сложения этих пяти выражений генов, определенные микрочипом и ПЦР в реальном времени, показаны на рисунке 3. Результаты подтвердили наши данные микрочипов.

Согласование выражений между микрочипом и количественным анализом ПЦР в реальном времени. Ось y представляет собой отношение значений выражений между T2D и контрольными группами.

Предыдущие исследования экспрессии генов в T2D были ограничены жировыми тканями и мышцами или на животных моделях с ограниченным размером выборки [16-22]. До нашего исследования сравнение экспрессии гена крови в АА и CAU с пациентами с Т2D отсутствовало. Наш анализ профилирования генов в периферических WBC из большего числа образцов и этнических групп начинает заполнять пробелы. Мы показали, что 30 генов дифференциально экспрессируются у пациентов с Т2Д по сравнению со здоровыми средствами контроля. Кроме того, мы продемонстрировали, что в пациентах с AA и CAU присутствуют разные сигнатуры экспрессии генов.

В T2D мы видим увеличение экспрессии шести генов, в которых пять из них ранее не сообщались в исследованиях экспрессии генов. ERAF связан с стабилизацией гемоглобина [25], ALAS2 участвует в иммунных реакциях [26], OSBP2 в липидном метаболизме [27], STYK1 в сигнальной трансдукции [28] и ZIC2 в регуляции транскрипции [29]. Сообщалось, что карбоновая ангидраза I, кодируемая CA1, постепенно увеличивается в моче пациентов с T2D [30]. Интересно отметить, что в нашем исследовании мы не обнаружили доказательств повышения регуляции классических воспалительных маркеров, включая семейство интерлейкинов, семейство TNF или семейство интерферонов, которые были показаны в литературе [5-9]; Тем не менее, группа генов, принадлежащих к этим семьям, в нашей исследовательской когорте сокращается, включая PTGS2, IL4, IL8, IFI27, IFIT3, IFIT2, TNFAIP6, RSAD2 и AGBL4. Все они связаны с сигнальным путем интерферона, каналами иммунной сигнализации, участвующими в воспалительных процессах [31]. Наши результаты показали, что врожденный иммунитет был фактически скомпрометирован, и значительно меньшее воспаление наблюдалось у пациентов с Т2D. Эти новые результаты не согласуются с результатами других исследований, которые могут указывать на важное различие в патофизиологии T2D между тканями. Недавнее исследование [32] также показало, что повышенный уровень циркулирующих воспалительных маркеров в T2D может не обязательно отражать степень воспаления в отдельных тканях из-за разницы в массе. Таким образом, профилирование экспрессии гена периферических WBC не может отражать изменения экспрессии генов в определенной ткани, такой как жировая клетка или мышца.

В дополнение к воспалительным маркерам мы обнаружили понижающую регуляцию нескольких генов (например, ABCA1 и GOS2), которые, как сообщается, связаны с липидным обменом и T2D в клеточных линиях гена и / или животных моделях [33-35]. Например, недавние исследования показали, что АТФ-связывающие кассетные транспортеры ABCA1 и ABCG1 играют важную роль в оттоке холестерина макрофагов в сыворотке или ЛВП в макрофаговых пенных клетках [33]. У мышей, у которых отсутствуют ABCA1 и ABCG1, накапливаются воспалительные макрофаговые пенные клетки в различных тканях, таких как легкие, печень, селезенка или миокард [34]. Поэтому ABCA1 может сыграть уникальную роль в увлажнении воспаления. В соответствии с их находкой, наши данные показали, что ген ABCA1 был отрегулирован у пациентов с T2D. Кроме того, мы также видим, что пациенты имели значительно более низкий уровень ЛПВП по сравнению с контрольными субъектами (таблица 1). Насколько нам известно, это первое доказательство того, что более низкая экспрессия ABCA1 снижает отток холестерина из макрофага, что приводит к уменьшению образования HDL у пациентов с Т2D. В свою очередь, противовоспалительные и иммунодепрессивные функции ABCA1 уменьшаются.

Недавно Ян и др. [35] сообщили, что экспрессия G0S2 значительно снижается в белых жировых тканях (WAT) мышей db / db и мышей дикого типа с высоким содержанием жиров. Они предположили, что снижение чувствительности к инсулину адипоцитов может привести к понижающей регуляции G0S2, но они не уверены в том, что экспрессия G0S2 также снижается у людей с ожирением. Профилирование экспрессии генов было убедительным доказательством того, что GOS2 был отрегулирован у пациентов с T2D, у которых также был значительно более высокий ИМТ, чем у здоровых контролей.

Диабет 2 типа (T2D) является сложным заболеванием. Хотя точный патогенез еще не был полностью понят, семейный анамнез, физическая бездеятельность, социально-экономическое состояние и расовая / этническая принадлежность способствуют возникновению T2D [13-15]. Наибольшая частота заболеваемости и смертности от АЗ имеют АА [5]. Чтобы лучше понять дисбаланс в отношении здоровья, мы сравнили клинические параметры и профили экспрессии периферических WBC от AA и CAU. Как описано ранее, у CAU был значительно более высокий уровень триглицеридов крови (ТГ) как у контролей, так и у пациентов. Не было существенной разницы в других клинических параметрах между двумя расами. Однако, как показано на рисунке 1, у пациентов с АА Т2D было в 2-6 раз больше измененных генов, чем у пациентов с ТСТ CAU. В АА было зарегистрировано 294 регулируемых и 269 регулируемых гена у пациентов с Т2D; однако мы наблюдали только 134 отрегулированных и 47 регулируемых гена в CAU. Различия наблюдались также в 10 верхних регулируемых и отрегулированных генах из двух этнических групп, показанных в таблице 3. Ни один из генов, контролируемых вверх или вниз, не перекрывался между AA и CAU. В согласии с различиями в экспрессии генов, исследование обогащения путей далее показало, что у АА есть различные патофизиологические механизмы T2D от CAU. Например, значительное обогащение 10-ти верхних регулируемых путей у пациентов с АА включало «связь между врожденными и адаптивными иммунными клетками» и «сигнализацию первичной иммунодефицита», тогда как у пациентов CAU были пути «передача сигналов интерферона» и «система комплемента». Основными регулируемыми путями в АА были «метаболизм инозита», «сигнализация Wnt / β-catenin» и «активация LXR / RXR», но эти пути не были существенно изменены в CAU. Взятые вместе различия между участниками AA и CAU в профилях выражений параллельны различиям между этими группами в данных о обогащении путей. Этнические различия в ТГ не могут объяснить этнические различия. Возможность того, что сотрудники CAU систематически повышают уровень TG, требует дальнейшего изучения.

Праймеры для количественных экспериментов ПЦР в реальном времени

Таким образом, с помощью анализа клинических параметров, профилей экспрессии T2D и этнических различий экспрессии генов и обогащения путей мы обнаружили, что врожденный иммунитет был скомпрометирован, и значительно большее воспаление было связано с T2D. Недавно идентифицированные ABCA1 и GOS2 у человека могут быть использованы в качестве генетических маркеров для диагностики и разработки лекарственных препаратов. Наши результаты также показали, что гены и пути дифференциально экспрессируются между пациентами AA и CAU T2D.

Исследование было одобрено Управлением по пересмотру колледжа Тугалу. Все испытуемые предоставили письменное информированное согласие на это исследование. T2D был диагностирован на основе рекомендаций Американской диабетической ассоциации (ADA) [5] и характерных симптомов диабета: более высокий ИМТ и глюкоза в плазме натощак> 126 мг dl-1 или 2 часа глюкозы в плазме во время перорального теста на толерантность к глюкозе> 200 мг dl-1. Было собрано в общей сложности 144 образца крови от здорового контроля (n = 60, 32 кавказца и 28 афроамериканцев) и T2D (n = 84, 40 кавказцев и 44 афроамериканца). Все испытуемые оценивали по возрасту, полу, этнической принадлежности, индексу массы тела (ИМТ), триацилглицерину (ТГ), липопротеину высокой плотности (ЛПВП), липопротеину низкой плотности (ЛПНП), общему холестерину (ТС) и уровням глюкозы.

Общая РНК из 8-10 мл периферической крови WBC была получена с использованием LeukoLock ™ Total RNA system (Ambion Inc, Austin, TX) в соответствии с инструкциями производителя. Количество и качество изолированной РНК определяли с помощью спектрофотометрии Nanodrop и биоанализатора Agilent 2100 (Agilent Technologies, Santa Clara, CA).

Профилирование экспрессии генов проводили с использованием массивов Oligo Whole Human Genome1 (4 × 44K) Oligo с ~ 20 000 генов (Agilent Technologies, Palo Alto, CA). Каждый образец гибридизовали с человеческим универсальным контролем РНК (Stratagene, La Jolla, CA). 500 нг общей РНК амплифицировали и помещали, используя набор флуоресцентных линейных амплификаторов с входной флуоресцентной матрицей Agilent, согласно протоколу производителя. Для каждой двухцветной матрицы 850 нг каждого Cy5- (универсального управления) и Cy3-меченой (выборки) кРНК смешивали и фрагментировали с использованием протокола набора гибридизации Agilent In Situ. Гибридизацию проводили в течение 17 часов во вращающейся гибридизационной печи в соответствии с протоколом обработки микрочипов Agilent 60-mer oligo до стирки и сканирования с помощью сканера Agilent (G2565AA, Agilent Technologies, Wilmington, DE). Массивы обрабатывались и исправлялись по умолчанию с настройками по умолчанию для всех параметров с помощью программного обеспечения Agilent Feature Extraction (v.9.5.3.1).

Анализ данных Microarray обрабатывался с помощью GeneSpring версии 7.0 и 10.0. Контроль качества выборки основывался на корреляции Пирсона образца с другими образцами во всем эксперименте. Если средняя корреляция Пирсона с другими образцами составляла менее 80%, образец был исключен для дальнейшего анализа. Если сканированная интенсивность была менее 5,0 для зонда, она была преобразована в 5. Была выполнена нормализация перчипа (внутри) массива с использованием 50-процентных значений всех значений зонда в массиве. Перенастройка нормального гена (между) также применялась с использованием медианного значения гена во всех образцах в эксперименте. Функции зонда сначала фильтровались с использованием флагов. Флаг «настоящий» или «отсутствующий» был определен с использованием программного обеспечения Agilent Feature Extraction 9.5.1. Для дальнейшего анализа хранился только зонд, который имел флаги в по меньшей мере 50% образцах всех массивов. Затем данные были преобразованы для статистического анализа в журнал (база 2). Чтобы идентифицировать дифференцированные гены между двумя группами (например, нормальные или диабет), для сравнения контрольных образцов и исследуемых образцов ТНТ применялся непарный t-тест с отрезанным значением р 0,05. Кроме того, для определения более значимых регулируемых генов применялись 1,4-кратные изменения.

Значительно регулируемые зонды использовались для односторонней иерархической кластеризации (только кластерных генов) или двухсторонней иерархической кластеризации (кластеризации обоих генов и образцов) с использованием GeneSpring 7.0 и / или 10 (Agilent Technologies, Foster City, CA, USA). Для кластеризации была применена корреляция Пирсона со средней связью. Функциональные категории генов были классифицированы по генной онтологии (GO) [36] с использованием инструментов Database for Annotation, Visualization и Integrated Discovery (DAVID) [37,38] и Gofetch [39]. Значение функционального термического обогащения гена Ontology p менее 0,05 считалось значительным. Анализ пути проводился с использованием инструмента анализа канонических путей Ingenuity. Подобно анализу GO, путь с коэффициентом обогащения p менее 0,05 считался значительно регулируемым путем (Ingenuity Systems, Inc., Redwood City, CA). Сети генов были построены на основе базы знаний Ingenuity. Счет был присвоен сети в соответствии с подгонкой исходного набора значимых генов. Эта оценка отражает отрицательный логарифм значения p, который указывает вероятность того, что фокусные гены в сети будут найдены вместе из-за случайной случайности [40].

Для проверки данных микрочипов в реальном времени ПЦР-анализ проводили с использованием системы Brilliant II SYBR® Green для пяти генов. Образцы были выбраны из первоначальных экспериментов с микрочипами для дальнейшего тестирования RT-PCR на основе достаточной остаточной РНК. В качестве внутреннего контроля использовали экспрессию глицеральдегид-3-фосфатдегидрогеназы (GAPDH) и относительную экспрессию каждого гена определяли по методу ΔΔCt, сравнивая экспрессию тестового гена со средним GAPDH, а затем сравнивали группу T2D по сравнению с здоровой контрольной группой , Праймеры, используемые для амплификации кДНК, показаны в таблице 3.

Авторы заявляют, что у них нет конкурирующих интересов.

JM задумал исследование и внес свой вклад в его разработку и координацию и разработал рукопись; JA проанализировала данные микрочипов и способствовала написанию рукописи. XZ внесла существенный вклад в концепцию и дизайн и принимала активное участие в критическом анализе важного интеллектуального контента. MB и MS обрабатывали образцы, изолировали общую РНК и проводили гибридизацию массивов и часть организации данных. МО предоставила клинические образцы и другие лабораторные данные. JTW участвовал в анализе клинических данных и коррекции английского языка. YD инициировал проект, проанализировал данные микрочипов и пересмотрел рукопись. Все авторы утвердили окончательную рукопись. XW участвовал в клинической дискуссии и помог улучшить рукопись.

Это исследование было поддержано NIH / NCMHD / RIMI, P20MD002725. Мы благодарим Янь Ли из Медицинского центра Университета Раша за тщательное ознакомление с рукописью.

Комментариев нет.

Добавить комментарий

Ваш e-mail не будет опубликован. Обязательные поля помечены *