Нажмите "Enter", чтобы перейти к контенту

Последовательное определение последовательности семейных мутаций, связанных с гиперхолестеринемией, у субъектов с повышенными уровнями LDL-C в латвийской популяции

Next-generation-sequencing-based identification of familial hypercholesterolemia-related mutations in subjects with increased LDL–C levels in a latvian population
Источник: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4587402/

Семейная гиперхолестеринемия (FH) является одним из наиболее распространенных моногенных расстройств, преимущественно унаследованных как аутосомно-доминантный признак. При отсутствии лечения это приводит к ранней ишемической болезни сердца. Подавляющее большинство FH остается недиагностированным в Латвии. Идентификация и раннее лечение затронутых лиц остаются проблемой во всем мире. Большинство случаев FH вызваны мутациями в одном из четырех генов, APOB, LDLR, PCSK9 или LDLRAP1. Спектр вызывающих заболевание вариантов очень разнообразен, а панели обнаружения вариаций, обычно используемые в его диагностике, охватывают только меньшинство вариантов, вызывающих заболевание. Тем не менее, тесты на основе ДНК могут обеспечить диагноз FH для пациентов с FH без каких-либо физических симптомов и без известной семейной истории заболевания. Здесь мы оцениваем использование целенаправленного секвенирования следующего поколения (NGS) для выявления случаев FH в когорте пациентов с ишемической болезнью сердца (ИБС) и лиц с аномальным уровнем липопротеинов и холестерина низкой плотности (LDL-C).

Мы использовали целевое усиление кодирующих областей LDLR, APOB, PCSK9 и LDLRAP1, а затем NGS у 42 пациентов с САПР (LDL-C, 4,1-7,2 ммоль / л) и 50 человек из популяционной когорты (LDL- С, 5,1-9,7 ммоль / л).

Всего было найдено 22 синонимичных и 31 нерезидентных варианта, восемь вариантов в непосредственной близости (10 б.п.) до границ интрон-экзон и 50 других вариантов. В семи пациентах (7,6%) мы идентифицировали четыре патогенные мутации (p. (Arg3527Gln) в APOB и p. (Gly20Arg), p. (Arg350 *) и c.1706-10G> A в LDLR). Три возможных патогенных варианта были обнаружены у четырех пациентов.

Методы, основанные на NGS, могут использоваться для обнаружения FH у лиц с высоким риском, когда они не соответствуют определенным клиническим критериям.

Онлайн-версия этой статьи (doi: 10.1186 / s12881-015-0230-x) содержит дополнительный материал, доступный для авторизованных пользователей.

Семейная гиперхолестеринемия (FH) была впервые описана в 1920 году [1] и, возможно, является наиболее распространенным расстройством одного гена. FH характеризуется повышенными уровнями липопротеинов холестерина низкой плотности (LDL-C), сухожильной ксантомой и аркурой corneae до 45 лет. В большинстве случаев FH наследуется как аутосомно-доминантная черта с пенетрантностью почти на 100% [2]. Основываясь на Общем исследовании населения Копенгагена, распространенность гетерозиготного FH составляет примерно один у 200 особей. Тем не менее, распространенность варьируется от одного в 200 до одного из 500 особей, в зависимости от популяции [3]. Гомозиготная форма FH намного реже, встречающаяся только у одного из 1 000 000 человек [4-6].

Накопление липидов и липопротеинов в плазме является первым ключевым процессом в развитии атеросклеротических поражений [7]. Атеросклероз, его результирующая болезнь коронарной артерии (САПР) и другие сосудистые заболевания являются наиболее распространенными причинами смертности во всем мире [8], а ранняя диагностика пациентов с ФГ до развития тяжелых осложнений имеет решающее значение для начала соответствующего лечения липид- понижающие агенты.

Диагноз FH часто основан на физических признаках (сухожилия xanthoma или arcus corneae до 45 лет), лабораторных данных (уровни LDL-C плазмы) и истории болезни повышенного LDL-C и сердечно-сосудистых заболеваний. Существует по крайней мере три подхода к диагнозу FH на основе этих признаков [9]. Однако отсутствие физических симптомов недостаточно для отклонения диагноза, потому что около 50% гетерозиготных пациентов с ФГ не обнаруживают физических признаков [10], и часто нет доказательств преждевременного САПР у гетерозиготных пациентов с ФГ [4, 11]. Более того, в некоторых моногенных гиперхолестеринемиях уровни липидной плазмы аналогичны нормальным диапазонам [5]. Поэтому для подтверждения диагноза FH необходимы тесты на основе ДНК.

У большинства пациентов с FH имеется дефектный липопротеиновый рецептор низкой плотности (LDLR). Это приводит к недостаточному поглощению клеток липопротеинов низкой плотности (LDL) клетками и накоплению ЛПНП в плазме [12, 13]. Чрезвычайно повышенные уровни ЛПНП-плазмы значительно повышают риск (более чем на 50%) преждевременных САПР до достижения возраста 55 лет [11-14]. Сообщалось о сотнях мутаций LDLR, и многие из них вызывают FH (http://www.ucl.ac.uk/ldlr/Current/, http://www.hgmd.org/). Фенотипически сходное состояние, семейный дефектный аполипопротеин B (FDB), вызвано дефектами гена аполипопротеина В (APOB) [12, 15] и особенно мутациями в LDLR-связывающем домене APOB [14, 16]. Эти мутации предотвращают распознавание белка APOB с помощью LDLR, и поэтому частицы LDL, связанные с дефектным APOB, не могут поглощаться клетками. Различные мутации в белке APOB связаны с FDB, чаще всего p. (Arg3527Gln) [15, 17, 18]. Было предложено усиление мутации функции в пропротеиновой конвертазе субтилизин / кексин типа 9 (PCSK9) для увеличения деградации LDLR, что уменьшает количество молекул LDLR на поверхности клетки. Это дополнительно уменьшает поглощение ЛПНП клетками, что приводит к еще одному типу моногенных гиперхолестеринемий [13, 19-21]. Имеются также данные о том, что функциональные мутации в белках адаптера липопротеинов низкой плотности 1 (LDLRAP1) вызывают рецессивную форму FH [22, 23]. Уровни ЛПНП в плазме у этих пациентов, как правило, являются промежуточными по сравнению с таковыми у пациентов с гетерозиготным или гомозиготным семейным дефицитом ЛПНП [24]. Этот переходный белок имеет решающее значение для нормальной сборки покрытых ЛПНП покрытых ям на поверхности клетки и, следовательно, для нормального поглощения ЛПНП в клетке эндоцитозом [23, 25].

Доля пациентов, отождествляемых с FH и в процессе лечения, остается очень низкой, а большинство недиагностированных и необработанных пациентов молоды [13]. Недавние результаты также показывают, что распространенность FH выше, чем считалось ранее [3]. В этом контексте основанные на ДНК доказательства функциональных мутаций в генах LDLR, APOB, PCSK9 и LDLRAP1 имеют решающее значение для правильного диагноза [26], поскольку фактическая распространенность FH может быть недооценена текущими диагностическими критериями для FH [3 ].

Мы провели это исследование для оценки спектра мутаций, связанных с FH, в группе индивидуумов, которая была выбрана в основном на основе их повышенных уровней LDL-C, таким образом представляя типичную популяцию, включая многих людей с недиагностированным FH. Еще одна цель исследования заключалась в оценке целесообразности проведения целенаправленного тестирования последовательности на основе следующего поколения (NGS) для FH.

Мы провели это исследование, используя образцы ДНК из базы данных генома латышского населения (LGDB), финансируемого правительством биобанка (кратко описанного в [27]), который включал 25 292 участника в августе 2014 года (1,3% населения Латвии). В LGDB 4335 образцов включали данные об общем холестерине (ТС), уровнях липопротеинов холестерина высокой плотности (HDL-C), LDL-C и триглицериде (TG). В исследование были включены две группы пациентов. Мы отобрали 50 не связанных лиц с крайнего конца спектра ЛПНП-С и обозначили их «группа населения» (СОЗ). В общей сложности у 292 индивидуумов были уровни ЛПНП> 4,9 ммоль / л, что является предельной величиной для ЛПНП-С на основе критериев Всемирной организации здравоохранения [11]. В этом наборе данных было выбрано 50 образцов из верхнего конца распределения, представляющих диапазон LDL-C от 5,1 до 9,7 ммоль / л. Вторая группа из 42 пациентов была набрана в LGDB из Латвийского центра кардиологии, группы «САПР», в период до марта 2013 года, специально для этого исследования. Критерии включения для этой группы — история ишемической болезни сердца (предшествующий инфаркт миокарда или стенокардия) и / или свидетельствование коронарного атеросклероза, установленного с инвазивной коронарной ангиографией, и уровень ТС> 7 ммоль / л. Все субъекты, которые дали согласие на участие в исследовании, были включены без дальнейшего отбора. Все пациенты из САПР подверглись липид-понижающей терапии и наивысшей известной величине ЛПНП, независимо от до или после лечения, были использованы для этого исследования. Письменное информированное согласие было получено от всех участников. Протокол исследования был одобрен Центральным комитетом медицинской этики Латвии (протоколы № 2007 А-7 и 01-29.1 / 25). Шестнадцать (17%) образцов были также включены в предыдущее экспериментальное исследование, исследованное с той же панелью секвенирования [28].

Мы секвенировали все экзоны (включая границы экзона-интрона) и 5 ​​’и 3′ нетранслируемые области из четырех связанных с FH генов (LDLR, APOB, PCSK9 и LDLRAP1) с платформой Life Technologies Ion Torrent ™ PGM, которая основано на технологии полупроводникового секвенирования [29]. Для целевого обогащения мы разработали анализ AmpliSeq ™, используя инструмент Ion AmpliSeq ™ Designer для индивидуальной разработки пробных праймеров. Конструкция была основана на человеческом (Hg19) эталонном геноме и трубопроводе v1.2 для генерации 200-bp ампликонов. Всего было разработано и смешано 192 пары праймеров в двух пулах. Пулы для праймеров были изготовлены Life Technologies, а теоретический охват представляющих интерес областей составил 92,1%. Для нормализации концентрации геномной ДНК до 5 нг / мкл использовали флуорометр Invitrogen Qubit 2.0. Для подготовки библиотек ДНК был использован стандартный протокол кодирования библиотеки AmpliSeq ™ с 10 нг входной ДНК (выпуск: 10 сентября 2012 г., номер публикации MAN0006735). Окончательные библиотеки были определены количественно и их качество проверено на биоанализаторе Agilent 2100 с использованием чипов высокой чувствительности (Agilent Technologies). Библиотеки были разбавлены до концентрации приблизительно 13 пМ, и все 16 библиотек были объединены для обеспечения эффективного использования пространства чипов ионов. Набор шаблонов Ion OneTouch ™ 200 v2 DL (выпуск: 12 сентября 2012 г., публикация № MAN0006957) был использован для изготовления шаблонов и эмульсионной ПЦР. Набор Ion PGM ™ 200 Sequencing Kit (выпуск: 26 сентября 2012 г., перекр. F, публикация № 4474246) и стандартный протокол секвенирования для чипа Ion 314 ™ были использованы для процедуры секвенирования. Прогнозируемое среднее покрытие составляло 30 раз (в соответствии со стандартным протоколом AmpliSeq).

Исходные данные были сопоставлены с человеческим эталонным геномом (Hg19) с использованием плагина Torrent Suite 4.0.2 alignment v4.0-r77189. Вариант-вызывающий плагин (variantCaller v4.0-r76860) использовался для вызова и аннотирования обнаруженных изменений в последовательности выборок. Для варианта-вызывающего плагина были выбраны настройки стандартной строчки линии-PGM-Low Stringency, в которых минимальное покрытие для вызова однонуклеотидных полиморфизмов (SNP) было 6x. Все варианты, которые были названы, были визуально проверены с помощью программного обеспечения Integrative Genomics Viewer (IGV) v2.3 (http://www.broadinstitute.org/software/igv/download) [30], чтобы отфильтровать возможные ошибки ПЦР или ложноположительные варианты, вызванные по несовершенствам в альтернативных вариантах алгоритмов плагина или по специфичности платформы [31].

Варианты с незначительными частотами аллелей выше 1%, согласно данным генотипа 1-й фазы генома 1000 из 1094 человек во всем мире (http://browser.1000genomes.org), считались непатогенными. Аналогично, все глубокие интронные варианты (более 10 б.п. от границ экзонов-интронов), другие некодирующие варианты и синонимичные варианты были исключены из дальнейшего анализа. Оставшиеся варианты были проанализированы путем сопоставления их с базой данных мутаций человека (HGMD; http://www.hgmd.org/), База данных семейных гиперхолестеринемий (FHVD; http://www.ucl.ac.uk/ugi / fh) и научных публикаций для целей аннотации. Аннотации в силиконе также выполнялись с использованием инструментов, которые прогнозируют функциональные эффекты SNP человека: PolyPhen-2 v2.2.2r398 [32], SIFT [33] и Mutation Taster [34]. Варианты, описанные как вызывающие FH в FHVD, подтвержденные доказательствами в литературе, считались патогенными (категория 1). Неоязычные варианты с неизвестными или нечеткими доказательствами патогенности, которые были идентифицированы как повреждающие всеми инструментами прогнозирования, считались возможными патогенными (категория 2). Все остальные варианты были классифицированы как варианты неопределенного клинического значения (категория 3). Все варианты категорий 1 и 2 были непосредственно упорядочены для проверки.

Для целей этого исследования мы выбрали 50 пациентов, которые представляли общее население, с заметно повышенными уровнями LDL-C (среди них только один человек имел предысторию САПР), группу POP и 42 пациента с повышенным уровнем LDL- C и создана CAD, группа CAD. Клинические характеристики нашей когорты приведены в таблице 1. Таблицы 1Клинические характеристики нашей когорты исследования

ИБС — заболевание коронарной артерии; МИ — инфаркт миокарда; TC — общий холестерин; LDL-C — холестерин липопротеинов низкой плотности; ИМТ — индекс массы тела; Для средних значений возраста, TC, LDL-C и BMI заданы ± стандартные отклонения (SD), а также минимальные и максимальные значения в скобках

После чередования ошибок, вызванных ошибками ПЦР, были исключены варианты, вызванные неадекватными алгоритмами вариантов, близкими к гомополимерам, и специфичные для платформы Ion Torrent ошибки [31], а в общей исследовательской группе было обнаружено 114 различных вариантов. Для трех вариантов альтернативные частоты аллелей составляли 100%. Предполагалось, что они неадекватно аннотируются в эталонном геноме и не включены в список вариантов [35]. Аналогично, варианты синонимичного кодирования (n = 22) не были включены в список вариантов. В общей сложности было идентифицировано 31 несинхронный вариант, восемь вариантов в непосредственной близости (10 б.п.) до границ интрон-экзон и 50 других вариантов. Информация обо всех (n = 89) идентифицированные варианты даны в дополнительном файле 1: Таблица S1. Были определены четыре варианта FH-причины (категория 1), три возможных патогенных варианта (категория 2) и восемь вариантов неопределенного значения (категория 3) (см. Таблицу 2). Целевое охват, достигнутый в интересующих регионах, составлял 90,7%, а средняя глубина считывания составляла 117 ×. Таблица 2 Варианы определенной и возможной важности были обнаружены у подозреваемой когорты латышей FH

CAT — наша обозначенная категория варианта; AAF — альтернативная частота аллелей в нашей когорте; FRQ — частота населения в целом (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/); Вариант — обмен аминокислотами (нумерация аминокислот в соответствии с обществом изменения генома человека [64])

Было идентифицировано четыре новых варианта (не сообщается в любой базе данных вариантов): одно изменение missense (Tyr144His) (APOB) из категории 2 и две ошибки missense (Val2095Glu) и p. (Met755Leu) (как в APOB), так и один вариант, близкий к сайту сплайсинга LDLR (c.2141-9 T> G) из категории 3. В таблице 3 показаны отдельные пациенты с вариантами категории 1, 2 и 3. Таблица 3 Индивидуальные пациенты с вариантами категории 1, 2 и 3

CAT — наша назначенная категория варианта; M — мужчина; F — женщина; LDL-C — холестерин липопротеинов низкой плотности; AA — обмен аминокислотами (нумерация аминокислот в соответствии с обществом изменения генома человека [64]); D — вероятно, повреждение / повреждение; P — возможно повреждение; B — доброкачественный, T — допустимый; N — полиморфизм

Мутации, вызывающие FH, были идентифицированы у семи пациентов (7,6%) и, возможно, патогенных вариантов были обнаружены у еще четырех пациентов. Не было обнаружено существенной разницы между группами САПР и POP в количестве вариантов из категорий 1, 2 или 3. Все варианты категории 1 и 2 были проверены с помощью прямого секвенирования.

Неоднородность вариантов, вызывающих FH, поддерживает обнаружение заболевания на основе последовательности в качестве основной методологии, а недавние достижения в методах, основанных на NGS, сделали их более доступными для использования в диагностике. Тем не менее, неясно, как применимо этот подход к идентификации лиц с FH в первичной медико-санитарной помощи. В этом исследовании мы использовали недавно разработанный анализ на основе AmpliSeq [28], чтобы проверить способность этого подхода идентифицировать варианты FH в группах высокого риска из общих и специфических для конкретного заболевания популяций, прежде всего выбранных на основе их доступных клинических и биохимические данные. Таким образом, единственным критерием включения в группу POP был повышен уровень LDL-C, тогда как группа САПР была выбрана на основе клинических или ангиографических данных САПР и высоких уровней ТС (> 7 ммоль / л). Эти две группы выявили значительные различия в уровнях ЛПНП-С и наличии ИБС или инфаркта миокарда. Однако две группы не различались по количеству идентифицированных вариантов (независимо от их предлагаемых функций). Мы обнаружили четыре патогенных FH-мутации в 7,6% от общей группы испытуемых испытуемых. У одного испытуемого была обнаружена мутация LDLR-белок p.Arg350 *. Этот вариант ранее сообщался как FH-вызывающий вариант у 13 не связанных с FH пациентов [13, 36, 37]. Он кодирует усеченную версию белка, нефункциональную ЛПНП и, следовательно, уменьшает поглощение частиц ЛПНП в печени и других тканях. p. (Gly20Arg) в LDLR был обнаружен у двух пациентов и ранее был идентифицирован у пациентов с ФГ во многих исследованиях [38-43]. Несмотря на то, что было установлено, что PolyPhen-2 является доброкачественным вариантом, LDLR p. (Gly20Arg) уже используется в диагностической панели LIPOchip®-FH [44] и является подтвержденным вариантом FH. Аналогично, c.1706 -10G> A в LDLR был идентифицирован нами у одного пациента, ранее и неоднократно выявлялся у пациентов с FH [40, 45-49]; он также используется в диагностической панели FH [49]. Другой вариант, стр. (Arg3527Gln) в APOB, был обнаружен у трех испытуемых и является наиболее распространенной мутацией, вызывающей FH, что подтверждается многочисленными эпидемиологическими и функциональными доказательствами [18, 41, 50-52]. Интересно отметить, что еще один вариант APOB, стр. (Glu2566Lys), был обнаружен во всех трех предметах, что свидетельствует о сильном сцеплении неравновесия между этими вариантами.

Было высказано предположение, что еще три редкие мутации APOB потенциально опасны с точки зрения белковой функции всеми инструментами прогнозирования, используемыми в этом исследовании. Один из них, стр. (Arg1689His), был описан в базе данных HGMD как возможный причиной гипертриглицеридемии. Однако этот вариант также был отмечен у контрольных субъектов [53], предполагая, что он лишь умеренно влияет на фенотип FH. Два других редких варианта APOB, которые не были описаны ранее, были обнаружены у двух (2,2%) субъектов. В дополнение к вариантам, описанным выше, мы обнаружили семь редких (<1% в соответствии с данными генотипа 1-й фазы генома 1000 из 1094 особей по всему миру, http://browser.1000genomes.org), нереализованные варианты неизвестного клинического значения (категория 3) , Все несинхронные варианты в категории 3 были расположены в гене APOB. Помимо p. (Glu2566Lys), который находится в LD с патогенной мутацией p. (Arg3527Gln), сообщалось только p. (Ser2429Thr) относительно гипертриглицеридемии [53]. В базах SNP сообщаются три варианта APOB, p. (Val4265Ala), стр. (Arg214Leu) и p. (Ile4314Val), тогда как два других варианта APOB, p. (Val2095Glu) и p. (Met755Leu) являются новыми и ранее не сообщались. Регионы, определенные аминокислотами 3174-3184 и 4181-4540 APOB, важны для правильного складывания белка [54], что указывает на то, что варианты, описанные в нашем исследовании, p. (Val4265Ala) и p. (Ile4314Val), очень вероятно связаны к фенотипу FH. Однако также известно, что варианты других экзонов гена APOB, помимо его функциональных доменов, потенциально патогенны [55], поэтому p. (Arg214Leu), p. (Met755Leu), p. (Val2095Glu) и p. (Ser2429Thr) также может быть патогенным. Мы также нашли один новый вариант, расположенный вблизи участка сплайсинга LDLR экзона 15 (c.2141-9 T> G). Варианты категории 3 были выявлены у 11 пациентов, что составляет 12,0% вариантов от всех испытуемых (таблица 3). Следует отметить, что для оценки возможных функций вариантов категории 2 и 3 потребуются дополнительные функциональные и сегрегационные исследования для определения патогенности этих вариантов. Однако для вариантов с низкой проникающей способностью, которые приписываются вариантам APOB, это может быть сложной задачей, и проблема интерпретации редких вариантов, идентифицированных с помощью NGS, является основным препятствием для внедрения этого метода в клиническую диагностику. В дополнение к редким вариантам мы также обнаружили ряд общих полиморфизмов, в том числе несинонимичные варианты, которые были связаны с повышенным LDL-C, атеросклерозом и другими состояниями (суммированы в дополнительном файле 1: Таблица S1). Степень, в которой наличие этих общих вариантов влияет на результаты пациентов с редкими вариантами с низкой проникающей способностью, неясна.

Одна из наших целей в этом проекте состояла в том, чтобы сравнить две группы, которые могут быть репрезентативными для популяций недиагностированных пациентов с FH: группа POP, представляющая общее население, но с заметно повышенными уровнями LDL-C и группой САПР, представляющей пациентов с коронарным атеросклерозом , большинство из которых находятся на липид-понижающей терапии. Поэтому мы не пытались контролировать равные уровни LDL-C между двумя группами. Наша исследовательская группа не представляет собой типичную когорту FH, потому что не было собрано данных по их клиническим фенотипам, включая их сухожильные ксантоматы (в группе POP), и таких фенотипов не наблюдалось (в группе САПР). Хотя некоторые семейные истории были собраны, они не предоставили достаточных подробностей для применения часто используемых критериев FH для определения заболевания. Другим важным соображением был преклонный возраст большинства субъектов, включенных в исследование, что, возможно, приводило к тому, что варианты с сильными эффектами были недопредставлены. Таким образом, у 23-летнего пациента была идентифицирована патогенная мутация LDLR p (Arg350 *), приводящая к нефункциональному белку, тогда как варианты APOB, известные своим умеренным эффектом, были обнаружены у трех пациентов в возрасте 57-65 лет. Также хорошо известно, что комбинации аллелей риска нескольких SNP с небольшим эффектом могут увеличить уровни LDL-C [56-58]. Поэтому нельзя исключать, что уровни LDL-C, главный критерий отбора, были подвержены влиянию этих SNP в нашей когорте. Еще более интересно то, как эти SNP изменяют уровни LDL-C у пациентов с моногенным фоном. Однако для изучения роли SNP с достаточной статистической мощностью потребуются гораздо более крупные когорты. Основное различие между этими двумя группами заключалось в наличии САПР в одном из них. В группе САПР можно ожидать увеличения распространенности вариантов, связанных с FH. Однако мы не обнаружили существенных различий в количестве испытуемых с вариантами категорий 1, 2 или 3 между группами (p = 0,684), хотя была четкая тенденция к тому, чтобы эти группы отличались по количеству носителей, в частности, категории 1 варианты. Еще более интересным является наблюдение, что избыток носителей вариантов категории 1 был обнаружен в группе POP (n = 5, 10,0%), а не в группе САПР (n = 2, 4,8%), как и следовало ожидать. Это говорит о том, что частота FH-связанных вариантов выше у популяций с более высокими уровнями LDL-C, независимо от наличия САПР. Весьма вероятно, что частота диагностики FH будет еще выше в популяции, выбранной с критерием включения более высокого ограничения LDL-C. Это согласуется с предложениями об увеличении общего количества холестерина для улучшения диагностической скорости для FH [59]. Однако такие выводы должны быть подтверждены в более крупных когортах, поскольку большинство подобных исследований, в том числе и наших, получили данные из очень маленьких когорт и, следовательно, не имели власти.

Частота обнаружения мутации, связанная с FH, составляет 7,6% для определенного FH, немного выше, чем в аналогичном в недавно опубликованном исследовании, в котором варианты, вызывающие FH, были идентифицированы у 2,1% лиц, не связанных с высоким риском [60]. Исследования, в которых NGS использовались для выявления вариантов в популяциях пациентов с FH с определенными клиническими критериями, показали более высокие показатели обнаружения, начиная с 67% у клинически определенных пациентов с FH до 26% у пациентов с FH [61]. Понятно, что исследования с более сильными критериями включения, основанные на клинических признаках FH или наличие семейной истории, показывают гораздо более высокие показатели обнаружения. Недавнее исследование, проведенное Maglio и его коллегами [62], показало, что показатель обнаружения составляет приблизительно 60% в исследовательской группе, в которой все участники имели семейную историю САПР, а 74% из них были классифицированы с определенным или вероятным FH и 16% отображается xanthomas.

Типичным недостатком методов секвенирования на основе ампликона является неполное покрытие, возникающее из-за пределов мультиплексирования. С нашим подходом 92,1% областей интереса были охвачены теоретически, тогда как 90,7% были получены на практике, потому что некоторые ампликоны не продуцировали ПЦР-продукты. Однако глубина считывания для всех успешно упорядоченных ампликонов была достаточной для полного охвата ожидаемых областей. Это можно считать близким к оптимальному, поскольку все известные функциональные области были покрыты, а опущенные области были в основном нетранслируемыми частями генов.

В заключение мы показали, что методы, основанные на NGS, могут быть использованы для обнаружения FH у лиц с высоким риском и дали окончательный диагноз FH у 7,6% всех пациентов в популяции, которые не соответствовали определенным клиническим критериям для FH. В этом исследовании мы также обсудили возможные роли вариантов с низким уровнем пенетрантности в этиологии высокого уровня ЛПНП и проблемы, связанные с интерпретацией результатов NGS. Понятно, что дополнительное каскадное тестирование в членах семьи должно выполняться у субъектов с неопределенными вариантами. Внедрение подхода, основанного на NGS, может увеличить процент известных случаев FH, в настоящее время недооцененной болезни и, что еще более важно, людей с более мягкими формами FH и повышенным LDL-C.

Дополнительный файл 1: Таблица S1.
              
                Все варианты найдены в исследовательской группе. (DOC 611 kb)

Геном аполипопротеина В

Аполипопротеин B

Ишемическая болезнь сердца

Семейный дефектный аполипопротеин B

Семейная гиперхолестеринемия

База данных семейных гиперхолестеринемий

Высокоплотный липопротеин-холестерин

База данных мутаций человека

Липопротеин холестерина низкой плотности

Липопротеиновый рецептор низкой плотности

Адаптивный белок 1 рецептора липопротеинов низкой плотности

База данных генома населения Латвии

Последовательность следующего поколения

Пропротеин-конвертаза субтилизин / кексин типа 9

Однонуклеотидный полиморфизм

Общий холестерин

Конкурирующие интересы

Авторы заявляют, что у них нет конкурирующих интересов.

Вклад авторов

ИК выполнил молекулярно-генетические исследования и NGS, проанализировал и интерпретировал данные, и составил рукопись. GL облегчил участие пациентов, диагностировал пациентов и составил рукопись. РБ провела NGS. DS провела NGS и проанализировала данные. Проанализированы данные. DF участвовал в разработке и координации исследований и помогал составлять рукопись. IE выполнил NGS. KV облегчало участие пациентов. GO облегчил участие пациентов. AE участвовал в разработке и координации исследований. JK задумал исследование, принял участие в его разработке и координации и помог разработать рукопись. Все авторы прочитали и утвердили окончательную рукопись.

Мы признаем базу данных генома латышского населения, Латвийский центр исследований и исследований в области биомедицины и Латвийский центр кардиологии для предоставления данных и образцов ДНК.

Эта работа была поддержана Европейским фондом регионального развития (ERDF), проектом «Исследование и разработка новых диагностических методов генетического и иммунологического тестирования», №. 2013/0042 / 2DP / 2.1.1.1.0 / 13 / APIA / VIAA / 002.

Комментариев нет.

Добавить комментарий

Ваш e-mail не будет опубликован. Обязательные поля помечены *